L'opera fu commissionata dal marito di Paolina Bonaparte, sorella di Napoleone, il principe romano Camillo Borghese.

L'opera, conservata a palazzo Torlonia di piazza Venezia dal 1815, fu ceduta allo Stato italiano come parte della donazione Torlonia nel 1892 e collocata a palazzo Corsini fino al trasferimento nella sede attuale nel 1929.

Delle due versioni di questo che Canova chiamava «un gruppetto di Amore e Psiche platonico», quella di Parigi appartenne a Murat e l'altra fu la prima opera commissionata a Canova da Giuseppma Beauharnais.

Fu commissionato da Luisa Stolberg contessa d'Albany, compagna ed erede dell'Alfieri e venne inaugurato solennemente alla presenza di Canova nel 1810. Inizialmente Canova aveva pensato di realizzare una stele (il gesso è conservato a Possagno), ma la contessa d'Albany, non ne fu contenta e pretese per la stessa cifra iniziale di diecimila scudi il monumento a tutto tondo.

Quando l'Apollo del Belvedere fu spedito a Parigi assieme alle altre opere d'arte sottratte allo Stato pontificio, il Perseo di Canova fu collocato al suo posto. Ai lati furono collocate le sue statue di Creugante e Damosseno, protagonisti di un cruento episodio sportivo narrato da Pausania nella sua Periegesi della Grecia.