In Santo Spirito, il tema della manifestazione della struttura con l'uso del colore è portato alle massime conseguenze. La chiesa è composta esclusivamente dagli elementi architettonici che la sostengono. L'elemento protagonista è la colonna così come nel tributo del Masaccio era la figura umana.

Nel progetto originario la simmetria ed il rigore della pianta di Santo Spirito sono solo apparenti. Nello spazio la visione doveva essere asimmetrica mancando infatti volutamente di un centro, come si deduce anche dai quattro accessi previsti (all'ingresso poi è stata eliminata la colonna centrale).

Le navatelle del corpo longitudinale e del transetto sono divise dalla navata centrale da arcate a tutto sesto con archi impostati su una specie di frammento di trabeazione invece che direttamente sulla colonna. Brunelleschi decide di far ruotare le arcate anche sul fondo di ogni braccio così da creare una specie di "porticato" interno alla chiesa o "endonartece continuo", eliminando quindi non solo "il centro" ma anche il punto di fuga che, nelle costruzioni a croce latina, in fondo al coro, con l'abside, "concludeva" la visione.

Agli effetti la costruzione è avvenuta snaturando l'idea brunelleschiana. Sono state chiuse da un muro le cappelle laterali emisferiche (che all'esterno avrebbero realizzato, nel compenetrarsi di spazio architettonico e spazio aperto, l'ideale concezione brunelleschiana), realizzate solo tre porte ed eliminata la colonna centrale all'ingresso dando così una veduta perfettamente simmetrica della chiesa. L'unico elemento "eretico" rimasto è la a colonna dietro l'altare ma il tabernacolo secentesco ne occulta la visione.

L'artefice della realizzazione fu Antonio di Tuccio Manetti, scherzosamente definito "el guastatore". (Imm: http://www.lib.virginia.edu/dic/colls/thumbs2www/arh102/images/jpegs/three08.jpg)